新车在车辆上牌时，车管所会没收汽车合格证，不会给车主保管，该合格证会长期存放在车管所存档，车辆合格证放在车管所存档是正常操作流程；车辆合格证是汽车的重要凭证，也是汽车上户时必备的合法证件；汽车合格证一般在二手车过户时提档时才会用到，汽车上牌时车管所一般会把车辆合格证、车主身份证、车主身份证、保险单、购车发票复印件等信息装进档案袋里面，在车牌户籍地车管所统一保管。

根据《汽车销售管理办法》规定，汽车合格证必须随车，买车不再局限于4S店和汽贸店，禁止一切形式的加价提车等。

车主在购买新车时一定要第一时候拿到购车发票、三包服务卡、车辆使用说明书、车辆合格证，一般车辆合格证上会标注车辆车型、车身号、发动机号、车身颜色，并带有售车4S店公章，和汽车品牌官方公章。

关于新车上牌后车管所存档资料和个人保管资料

1、车管所留存档：购车发票第四联(注册登记联)、购置税完税凭证(购置税小本)副联、交强险副本、购车人身份证明复印件、合格证原件、注册登记表。

2、个人留存：购车发票第一联(发票联)、行驶本、机动车登记证、绿色环保标志、年检标志、购置税发票、购置税完税凭证、交强险正本及交强险标志、合格证复印件。