通过“交管12123”APP处理扣分步骤流程如下：

1、登录“交管12123”APP后，通过【业务中心】→【违法处理】，进入违法处理业务流程；

2、用户选择违法待处理的机动车后，进入未处理违法列表界面，并可点击对应违法记录，查看具体违法内容详情；

3、用户选择待处理违法记录后，点击【处理并缴款】，认真阅读违法处理业务须知并点击【阅读并同意】，进入待处理违法记录确认及缴款方式选择页面；

4、点击确定后，进入缴款页面，并完成缴款；

提示：通过公安部交管服务互联网平台处理的本人机动车交通违法，需同时满足以下情形：

一是由交通技术监控设备记录的；

二是单条罚款金额不超过200元；

三是待处理违法行为的记分分值与驾驶人当前累积记分分值之和未达到12分；在满足上述条件基础上，驾驶人还可以在平台自助处理非本人机动车的无记分交通违法，或者处理备案机动车在备案后发生的有记分交通违法。