学员开教练车违章扣分，并会处相应的罚款；同时，学员在没有拿到驾照前是禁止开车上公路上行驶的，有教练在旁边也是不行的，除非你是在科目三训练车道上开车；以及当学员拿到驾照后也是不能驾驶教练车的，因为教练车比较特殊需要持有教练证才可以驾驶，至于违章的话开什么车都是会被处罚的。

同时《道路交通安全法实施条例》第二十条 学员在学习驾驶中有道路交通安全违法行为或者造成交通事故的，由教练员承担责任。

以及，根据《中华人民共和国道路交通安全法实施条例》第二十条规定 在道路上学习驾驶，应当按照公安机关交通管理部门指定的路线、时间进行。在道路上学习机动车驾驶技能应当使用教练车，在教练员随车指导下进行，与教学无关的人员不得乘坐教练车。

如果，学员在学习驾驶中有道路交通安全违法行为或者造成交通事故的，由教练员承担责任。